Toto podrobné porovnanie skúma základné rozdiely medzi RNA a DNA polymerázami, primárnymi enzýmami zodpovednými za genetickú replikáciu a expresiu. Hoci obe katalyzujú tvorbu polynukleotidových reťazcov, výrazne sa líšia v štrukturálnych požiadavkách, schopnosti korekcie chýb a biologických úlohách v rámci centrálnej dogmy bunky.
Zvýraznenia
RNA polymeráza syntetizuje RNA de novo bez potreby primeru.
DNA polymeráza vyžaduje primer, ale ponúka vynikajúcu korektúru pre vysokú vernosť.
Konečný produkt RNA polymerázy je jednovláknový, zatiaľ čo DNA polymeráza vytvára dvojitú špirálu.
RNA polymeráza má vnútorné schopnosti rozvíjať DNA, ktoré DNA polymeráza nemá.
Čo je RNA polymeráza?
Enzým zodpovedný za transkripciu DNA do rôznych typov molekúl RNA počas génovej expresie.
Primárna funkcia: transkripcia RNA
Substrát: Ribonukleozidtrifosfáty (NTP)
Požiadavka na primer: Žiadna (syntéza de novo)
Hlavné typy: Pol I, Pol II a Pol III (u eukaryotov)
Produkt: Jednovláknová RNA
Čo je DNA polymeráza?
Enzým, ktorého úlohou je replikovať genóm bunky, aby sa zabezpečila presná genetická dedičnosť počas delenia.
Primárna funkcia: Replikácia a oprava DNA
Substrát: Deoxyribonukleozid trifosfáty (dNTP)
Požiadavka na primer: Vyžaduje RNA alebo DNA primer
Hlavné typy: Pol I, II, III, IV a V (v prokaryotoch)
Produkt: Dvojvláknová DNA
Tabuľka porovnania
Funkcia
RNA polymeráza
DNA polymeráza
Biologický proces
Prepis
Replikácia
Použitá šablóna
Dvojvláknová DNA
Jednovláknová DNA
Potrebný základný náter
Nie
Áno
Schopnosť korektúry
Minimálne/Obmedzené
Extenzívny (3' až 5' exonukleáza)
Cukor v produkte
Ribóza
Deoxyribóza
Oddychová aktivita
Vrodená schopnosť podobná helikáze
Vyžaduje samostatný enzým helikázy
Miera chybovosti
1 z 10 000 nukleotidov
1 z 1 000 000 000 nukleotidov
Štruktúra konečného produktu
Jednovláknový polynukleotid
Dvojvláknová špirála
Podrobné porovnanie
Požiadavky na iniciáciu a primer
Hlavný rozdiel spočíva v tom, ako tieto enzýmy začínajú syntézu. RNA polymeráza dokáže iniciovať tvorbu nového vlákna od nuly po naviazaní na promótorovú sekvenciu. Naopak, DNA polymeráza nedokáže začať reťazec a na pridanie prvého nukleotidu potrebuje už existujúci primer s voľnou 3'-OH skupinou.
Presnosť a korektúra
DNA polymeráza udržiava integritu celého genómu, čo si vyžaduje neuveriteľne nízku mieru chybovosti dosiahnutú vďaka vstavaným mechanizmom korektúry. RNA polymeráza nemá túto vysoko presnú exonukleázovú aktivitu, čo má za následok výrazne vyššiu mieru mutácií. Keďže je však RNA prechodná a nie je dedičná, tieto chyby sú pre organizmus vo všeobecnosti menej škodlivé.
Funkcie štrukturálneho odvíjania
Počas transkripcie RNA polymeráza funguje ako samostatný stroj, ktorý dokáže samostatne rozbaliť dvojitú špirálu DNA, aby sa dostal k templátu. DNA polymeráza je viac závislá od komplexu proteínov, konkrétne vyžaduje enzým helikázu na prerušenie vodíkových väzieb a otvorenie replikačnej vidlice pred ňou.
Špecifickosť substrátu
Tieto enzýmy sú vysoko selektívne, pokiaľ ide o stavebné bloky, ktoré používajú. RNA polymeráza obsahuje ribonukleotidy obsahujúce ribózový cukor a bázu uracil. DNA polymeráza špecificky selektuje deoxyribonukleotidy, ktoré obsahujú deoxyribózový cukor a tymín namiesto uracilu.
Výhody a nevýhody
RNA polymeráza
Výhody
+Nezávislá iniciácia
+Rýchla transkripcia
+Vnútorné odvíjanie DNA
+Viaceré typy RNA
Cons
−Vyššia miera chybovosti
−Chýba dôkladná korektúra
−Nižšia stabilita
−Prechodné produkty
DNA polymeráza
Výhody
+Extrémna presnosť
+Robustná korektúra
+Trvalé genetické úložisko
+Vysoká procesivita
Cons
−Vyžaduje základný náter
−Vyžaduje pomocné enzýmy
−Pomalšie začatie
−Komplexné opravné cesty
Bežné mylné predstavy
Mýtus
RNA polymeráza a DNA polymeráza pracujú rovnakou rýchlosťou.
Realita
Vo väčšine organizmov je DNA polymeráza výrazne rýchlejšia, v baktériách sa pohybuje približne 1 000 nukleotidov za sekundu, zatiaľ čo RNA polymeráza dosahuje priemernú rýchlosť bližšiu sa k 40 – 80 nukleotidom za sekundu. Tento rozdiel odráža masívny rozsah replikácie celého genómu oproti transkripcii špecifických génov.
Mýtus
Vo všetkých bunkách existuje iba jeden typ RNA polymerázy.
Realita
Zatiaľ čo baktérie majú typicky jednu viacpodjednotkovú RNA polymerázu, eukaryoty majú najmenej tri odlišné typy. Každá eukaryotická RNA polymeráza je špecializovaná na iné úlohy, ako je syntéza ribozomálnej RNA, mediátorovej RNA alebo transferovej RNA.
Mýtus
DNA polymeráza dokáže opraviť iba chyby počas replikácie.
Realita
Rôzne špecializované DNA polymerázy existujú výlučne na opravu poškodenia počas celého života bunky. Tieto enzýmy dokážu vyplniť medzery spôsobené UV svetlom alebo vystavením chemikáliám a fungujú nezávisle od hlavného replikačného cyklu.
Mýtus
RNA polymeráza produkuje dvojvláknovú RNA.
Realita
RNA polymeráza špecificky vytvára jednovláknovú molekulu čítaním iba jedného z dvoch templátových vlákien DNA. Zatiaľ čo niektoré RNA sa dokážu poskladať späť a vytvoriť lokálne dvojvláknové štruktúry, primárnym výstupom je jeden polynukleotidový reťazec.
Často kladené otázky
Dokáže DNA polymeráza začať nový reťazec bez pomoci?
Nie, DNA polymeráza nemôže sama iniciovať syntézu, pretože na pripojenie prichádzajúceho nukleotidu potrebuje už existujúcu 3'-OH skupinu. V prírode enzým nazývaný primáza vytvára krátky RNA primer, ktorý poskytuje tento východiskový bod. Akonáhle je primer na mieste, DNA polymeráza môže začať predlžovať reťazec.
Ktorý enzým je presnejší a prečo?
DNA polymeráza je oveľa presnejšia, s mierou chybovosti zhruba 100 000-krát nižšou ako u RNA polymerázy. Táto vysoká presnosť je spôsobená jej 3' až 5' exonukleázovou aktivitou, ktorá jej umožňuje „späť dozadu“ a odstrániť nesprávne spárované bázy. RNA polymeráza túto dôkladnú korektúru nemá, pretože niekoľko chybných molekúl RNA je menej katastrofických ako trvalá mutácia v genóme.
Potrebuje RNA polymeráza helikázu na otvorenie DNA?
Na rozdiel od DNA polymerázy, RNA polymeráza nevyžaduje samostatný enzým helikázu na otvorenie DNA helixu. Má vnútorný mechanizmus, ktorý jej umožňuje rozmotávať templát DNA počas jej pohybu pozdĺž génu. Takto vzniká tzv. transkripčná bublina, ktorá sa pohybuje spolu s enzýmom.
Čo sa stane, ak RNA polymeráza urobí chybu?
Ak sa počas transkripcie vyskytne chyba, výsledkom je chybná molekula RNA a potenciálne nefunkčný proteín. Keďže sa však jeden gén transkribuje mnohokrát, bunka má zvyčajne mnoho ďalších správnych kópií proteínu. Chybná RNA sa nakoniec degraduje, takže chyba sa nestane trvalou súčasťou genetického kódu organizmu.
Prečo DNA polymeráza používa tymín, zatiaľ čo RNA polymeráza používa uracil?
Použitie tymínu v DNA je evolučnou ochranou proti mutácii. Cytozín sa môže spontánne deaminovať na uracil; ak by DNA prirodzene používala uracil, bunka by nebola schopná rozpoznať, či tam mala byť uracilová báza alebo či ide o poškodený cytozín. Použitím tymínu v DNA môže bunka ľahko identifikovať a opraviť akýkoľvek uracil, ktorý sa objaví, čím sa zachová genetická integrita.
Aké sú tri typy eukaryotických RNA polymeráz?
Eukaryoty používajú RNA polymerázu I na syntézu väčšiny ribozomálnej RNA (rRNA), RNA polymerázu II na syntézu mediátorovej RNA (mRNA) a niektorých malých RNA a RNA polymerázu III na syntézu transferovej RNA (tRNA) a ďalších malých štrukturálnych RNA. Každý enzým rozpoznáva špecifické promótorové sekvencie a na fungovanie vyžaduje rôzne transkripčné faktory. Táto špecializácia umožňuje komplexnejšiu reguláciu génovej expresie.
Môže sa RNA polymeráza pohybovať oboma smermi?
Nie, RNA aj DNA polymerázy sú striktne jednosmerné a syntetizujú nové vlákna iba v smere 5' až 3'. To znamená, že čítajú templátové vlákno v smere 3' až 5'. Toto smerové obmedzenie je spôsobené chemickým mechanizmom reakcie, ktorý vyžaduje, aby 3' hydroxylová skupina existujúceho reťazca atakovala fosfátovú skupinu prichádzajúceho nukleotidu.
Je DNA polymeráza zapojená do transkripcie?
Nie, DNA polymeráza sa podieľa výlučne na replikácii DNA a oprave DNA. Nehrá žiadnu úlohu v procese transkripcie, čo je doménou RNA polymerázy. Tieto dva enzýmy sa líšia svojou štruktúrou a schopnosťou rozpoznávať rôzne štartovacie signály na molekule DNA.
Ako tieto enzýmy vedia, kde začať?
RNA polymeráza identifikuje špecifické sekvencie DNA nazývané promótory, ktoré signalizujú začiatok génu. DNA polymeráza však začína na špecifických miestach nazývaných „počiatky replikácie“. Zatiaľ čo RNA polymeráza nachádza svoj vlastný východiskový bod pomocou transkripčných faktorov, DNA polymeráza musí čakať, kým primáza položí primer na replikačnú vidlicu.
Ktorý enzým sa používa v PCR (polymerázovej reťazovej reakcii)?
PCR využíva DNA polymerázu, konkrétne tepelne stabilnú verziu, ako je Taq polymeráza odvodená z termofilných baktérií. To umožňuje enzýmu prežiť vysoké teploty potrebné na denaturáciu vlákien DNA počas procesu cyklovania. RNA polymeráza sa nepoužíva v štandardnej PCR, hoci sa používa v iných technikách, ako je napríklad transkripcia in vitro.
Rozsudok
Pri štúdiu génovej expresie a dráh syntézy proteínov sa zamerajte na RNA polymerázu. Pri analýze mechanizmov bunkového delenia, dedičnosti a dlhodobej genetickej stability sa zamerajte na DNA polymerázu.