Tämä yksityiskohtainen vertailu tarkastelee RNA- ja DNA-polymeraasien, geneettisestä replikaatiosta ja ilmentymisestä vastaavien ensisijaisten entsyymien, välisiä perustavanlaatuisia eroja. Vaikka molemmat katalysoivat polynukleotidiketjujen muodostumista, ne eroavat merkittävästi toisistaan rakenteellisten vaatimustensa, virheenkorjauskykyjensä ja biologisten rooliensa suhteen solun keskeisessä dogmassa.
Korostukset
RNA-polymeraasi syntetisoi RNA:ta de novo ilman aluketta.
DNA-polymeraasi vaatii alukkeen, mutta tarjoaa erinomaisen oikoluvun ja tarkan tekstin.
RNA-polymeraasin lopputuote on yksijuosteinen, kun taas DNA-polymeraasi tuottaa kaksoiskierteen.
RNA-polymeraasilla on luontaiset DNA:n purkamiskyvyt, joita DNA-polymeraasilla ei ole.
Mikä on RNA-polymeraasi?
Entsyymi, joka vastaa DNA:n transkriptiosta erityyppisiksi RNA-molekyyleiksi geenien ilmentymisen aikana.
Ensisijainen toiminto: RNA-transkriptio
Substraatti: Ribonukleosiditrifosfaatit (NTP:t)
Alukevaatimus: Ei mitään (de novo -synteesi)
Päätyypit: Pol I, Pol II ja Pol III (eukaryooteissa)
Tuote: Yksijuosteinen RNA
Mikä on DNA-polymeraasi?
Entsyymi, jonka tehtävänä on replikoida solun genomia varmistaakseen tarkan geneettisen periytymisen jakautumisen aikana.
Ensisijainen toiminto: DNA:n replikaatio ja korjaus
Päätyypit: Pol I, II, III, IV ja V (prokaryooteissa)
Tuote: Kaksijuosteinen DNA
Vertailutaulukko
Ominaisuus
RNA-polymeraasi
DNA-polymeraasi
Biologinen prosessi
Transkriptio
Replikointi
Käytetty malli
Kaksijuosteinen DNA
Yksijuosteinen DNA
Pohjuste tarvitaan
Ei
Kyllä
Oikolukutaito
Minimaalinen/Rajoitettu
Laaja (3' - 5' eksonukleaasi)
Sokeria tuotteessa
Riboosi
Deoksiriboosi
Purkautumistoiminta
Luontainen helikaasin kaltainen kyky
Vaatii erillisen helikaasientsyymin
Virheprosentti
1/10 000 nukleotidia
1 1 000 000 000 nukleotidista
Lopputuotteen rakenne
Yksittäinen polynukleotidisäie
Kaksijuosteinen kierre
Yksityiskohtainen vertailu
Aloitus- ja pohjustusvaatimukset
Merkittävä ero on siinä, miten näiden entsyymien synteesi alkaa. RNA-polymeraasi voi aloittaa uuden juosteen luomisen tyhjästä, kun se sitoutuu promoottorisekvenssiin. Sitä vastoin DNA-polymeraasi ei pysty aloittamaan ketjua ja vaatii olemassa olevan alukkeen, jossa on vapaa 3'-OH-ryhmä, ensimmäisen nukleotidin lisäämiseksi.
Tarkkuus ja oikoluku
DNA-polymeraasi ylläpitää koko genomin eheyttä, mikä edellyttää uskomattoman alhaista virheprosenttia, joka saavutetaan sisäänrakennettujen oikolukumekanismien avulla. RNA-polymeraasilta puuttuu tämä tarkka eksonukleaasiaktiivisuus, mikä johtaa huomattavasti korkeampaan mutaatioprosenttiin. Koska RNA on kuitenkin ohimenevää eikä periydy, nämä virheet ovat yleensä vähemmän haitallisia organismille.
Rakenteelliset purkamistoiminnot
Transkription aikana RNA-polymeraasi toimii itsenäisenä koneena, joka voi itse purkaa DNA:n kaksoiskierteen templaatin käyttämiseksi. DNA-polymeraasi on riippuvaisempi proteiinikompleksista ja vaatii erityisesti helikaasientsyymiä katkaisemaan vetysidokset ja avaamaan replikaatiohaarukan edessään.
Substraatin spesifisyys
Entsyymit ovat erittäin selektiivisiä käyttämiensä rakennuspalikoiden suhteen. RNA-polymeraasi yhdistää ribonukleotideja, jotka sisältävät riboosisokerin ja urasiilin emäksen. DNA-polymeraasi valitsee spesifisesti deoksiribonukleotidit, joissa on deoksiriboosisokeri ja tymiini urasiilin sijaan.
Hyödyt ja haitat
RNA-polymeraasi
Plussat
+Itsenäinen aloitus
+Nopea transkriptio
+Luonnollinen DNA:n purkautuminen
+Useita RNA-tyyppejä
Sisältö
−Korkeampi virheprosentti
−Puuttuu vankka oikoluku
−Alempi vakaus
−Ohimenevät tuotteet
DNA-polymeraasi
Plussat
+Äärimmäinen tarkkuus
+Vankka oikoluku
+Pysyvä geneettinen varastointi
+Korkea prosessointikyky
Sisältö
−Vaatii pohjamaalin
−Vaatii auttajaentsyymejä
−Hitaampi aloitus
−Monimutkaiset korjausreitit
Yleisiä harhaluuloja
Myytti
RNA-polymeraasi ja DNA-polymeraasi toimivat samalla nopeudella.
Todellisuus
Useimmissa organismeissa DNA-polymeraasi on huomattavasti nopeampi, bakteereissa noin 1 000 nukleotidia sekunnissa, kun taas RNA-polymeraasin keskimääräinen nopeus on lähempänä 40–80 nukleotidia sekunnissa. Tämä ero heijastaa koko genomin replikoinnin valtavaa mittakaavaa verrattuna tiettyjen geenien transkriptioon.
Myytti
Kaikissa soluissa on vain yhtä RNA-polymeraasia.
Todellisuus
Vaikka bakteereilla on tyypillisesti yksi usean alayksikön RNA-polymeraasi, eukaryooteilla on ainakin kolme erillistä tyyppiä. Jokainen eukaryoottinen RNA-polymeraasi on erikoistunut eri tehtäviin, kuten ribosomaalisen RNA:n, lähetti-RNA:n tai siirto-RNA:n syntetisointiin.
Myytti
DNA-polymeraasi voi korjata virheitä vain replikaation aikana.
Todellisuus
Erilaisia erikoistuneita DNA-polymeraaseja on olemassa ainoastaan korjaamaan vaurioita solun koko elinkaaren ajan. Nämä entsyymit voivat täyttää UV-valon tai kemikaalialtistuksen aiheuttamia aukkoja toimien riippumatta pääasiallisesta replikaatiosyklistä.
Myytti
RNA-polymeraasi tuottaa kaksijuosteista RNA:ta.
Todellisuus
RNA-polymeraasi luo spesifisesti yksijuosteisen molekyylin lukemalla vain toisen kahdesta DNA-templaattisäikeestä. Vaikka osa RNA:sta voi taittua takaisin itsensä päälle muodostaen paikallisia kaksijuosteisia rakenteita, ensisijainen tuotos on yksi polynukleotidiketju.
Usein kysytyt kysymykset
Voiko DNA-polymeraasi aloittaa uuden juosteen ilman apua?
Ei, DNA-polymeraasi ei voi aloittaa synteesiä itse, koska se vaatii olemassa olevan 3'-OH-ryhmän kiinnittämään tulevan nukleotidin. Luonnossa primaasi-niminen entsyymi luo lyhyen RNA-alukkeen, joka tarjoaa tämän lähtökohdan. Kun aluke on paikallaan, DNA-polymeraasi voi alkaa pidentää ketjua.
Kumpi entsyymi on tarkempi ja miksi?
DNA-polymeraasi on huomattavasti tarkempi, ja sen virheprosentti on noin 100 000 kertaa pienempi kuin RNA-polymeraasin. Tämä korkea tarkkuus johtuu sen 3'–5'-eksonukleaasiaktiivisuudesta, jonka avulla se voi poistaa väärin pariutuneet emäkset. RNA-polymeraasilta puuttuu tämä tarkka oikoluku, koska muutama viallinen RNA-molekyyli on vähemmän katastrofaalinen kuin pysyvä mutaatio genomissa.
Toisin kuin DNA-polymeraasi, RNA-polymeraasi ei tarvitse erillistä helikaasientsyymiä DNA-heliksin avaamiseen. Sillä on sisäinen mekanismi, jonka avulla se voi purkaa DNA-templaatin auki sen liikkuessa geeniä pitkin. Tämä muodostaa transkriptiokuplan, joka kulkee entsyymin mukana.
Mitä tapahtuu, jos RNA-polymeraasi tekee virheen?
Jos transkription aikana tapahtuu virhe, se johtaa vialliseen RNA-molekyyliin ja mahdollisesti toimimattomaan proteiiniin. Koska yksi geeni transkriptoidaan kuitenkin useita kertoja, solulla on yleensä useita muita oikeita kopioita proteiinista. Viallinen RNA lopulta hajoaa, joten virheestä ei tule pysyvää osaa organismin geneettisestä koodista.
Miksi DNA-polymeraasi käyttää tymiiniä, kun taas RNA-polymeraasi käyttää urasiilia?
Tymiinin käyttö DNA:ssa on evolutiivinen suoja mutaatioita vastaan. Sytosiini voi spontaanisti deaminoittua urasiiliksi; jos DNA käyttäisi luonnostaan urasiilia, solu ei pystyisi sanomaan, onko sytosiinissa oletettavasti urasiilimaasi vai onko kyseessä vaurioitunut sytosiini. Käyttämällä tymiiniä DNA:ssa solu voi helposti tunnistaa ja korjata minkä tahansa ilmestyvän urasiilin säilyttäen geneettisen eheyden.
Mitkä ovat kolme eukaryoottisten RNA-polymeraasien tyyppiä?
Eukaryootit käyttävät RNA-polymeraasi I:tä useimpien ribosomaalisen RNA:n (rRNA) syntetisointiin, RNA-polymeraasi II:ta lähetti-RNA:n (mRNA) ja joidenkin pienten RNA:iden syntetisointiin ja RNA-polymeraasi III:a siirto-RNA:n (tRNA) ja muiden pienten rakenne-RNA:iden syntetisointiin. Jokainen entsyymi tunnistaa tiettyjä promoottorisekvenssejä ja vaatii toimiakseen erilaisia transkriptiotekijöitä. Tämä erikoistuminen mahdollistaa geenien ilmentymisen monimutkaisemman säätelyn.
Voiko RNA-polymeraasi liikkua molempiin suuntiin?
Ei, sekä RNA- että DNA-polymeraasit ovat täysin yksisuuntaisia ja syntetisoivat uusia juosteita vain 5'-3'-suunnassa. Tämä tarkoittaa, että ne lukevat templaattisäikeen 3'-5'-suunnassa. Tämä suuntarajoitus johtuu reaktion kemiallisesta mekanismista, joka vaatii olemassa olevan ketjun 3'-hydroksyyliryhmän hyökkäämään tulevan nukleotidin fosfaattiryhmään.
Onko DNA-polymeraasi mukana transkriptiossa?
Ei, DNA-polymeraasi osallistuu yksinomaan DNA:n replikaatioon ja DNA:n korjaukseen. Sillä ei ole roolia transkriptioprosessissa, joka on RNA-polymeraasin alue. Nämä kaksi entsyymiä eroavat toisistaan rakenteeltaan ja kyvyltään tunnistaa erilaisia aloitussignaaleja DNA-molekyylissä.
Mistä nämä entsyymit tietävät, mistä aloittaa?
RNA-polymeraasi tunnistaa tiettyjä DNA-sekvenssejä, joita kutsutaan promoottoreiksi ja jotka signaloivat geenin alkua. DNA-polymeraasi kuitenkin aloittaa tietyistä kohdista, joita kutsutaan replikaation aloituskohdiksi. Vaikka RNA-polymeraasi löytää oman lähtöpisteensä transkriptiotekijöiden avulla, DNA-polymeraasin on odotettava primaasin asettavan alukkeen replikaatiohaaraan.
Mitä entsyymiä käytetään PCR:ssä (polymeraasiketjureaktiossa)?
PCR käyttää DNA-polymeraasia, erityisesti lämpöstabiilia versiota, kuten termofiilisistä bakteereista johdettua Taq-polymeraasia. Tämä antaa entsyymin selviytyä korkeista lämpötiloista, joita tarvitaan DNA-säikeiden denaturointiin sykliprosessin aikana. RNA-polymeraasia ei käytetä tavallisessa PCR:ssä, vaikka sitä käytetään muissa tekniikoissa, kuten in vitro -transkriptiossa.
Tuomio
Valitse RNA-polymeraasi tutkimuskohteeksi tutkiessasi geenien ilmentymistä ja proteiinisynteesireittejä. Valitse DNA-polymeraasi analysoidessasi solujen jakautumisen mekanismeja, perinnöllisyyttä ja pitkäaikaista geneettistä vakautta.