این مقایسهی دقیق، تفاوتهای اساسی بین RNA و DNA پلیمراز، آنزیمهای اصلی مسئول تکثیر و بیان ژنتیکی، را بررسی میکند. در حالی که هر دو تشکیل زنجیرههای پلینوکلئوتیدی را کاتالیز میکنند، اما از نظر الزامات ساختاری، قابلیتهای تصحیح خطا و نقشهای بیولوژیکی در اصول اساسی سلول، تفاوتهای قابل توجهی دارند.
برجستهها
RNA پلیمراز بدون نیاز به آغازگر، RNA را از نو سنتز میکند.
DNA پلیمراز به یک پرایمر نیاز دارد اما برای صحت بالا، تصحیح بهتری ارائه میدهد.
محصول نهایی RNA پلیمراز تک رشتهای است، در حالی که DNA پلیمراز یک مارپیچ دوگانه تولید میکند.
RNA پلیمراز دارای قابلیتهای ذاتی باز کردن پیچش DNA است که DNA پلیمراز فاقد آن است.
RNA پلیمراز چیست؟
آنزیمی که مسئول رونویسی DNA به انواع مختلف مولکولهای RNA در طول بیان ژن است.
عملکرد اصلی: رونویسی RNA
سوبسترا: ریبونوکلئوزید تری فسفاتها (NTPs)
نیاز به پرایمر: ندارد (سنتز de novo)
انواع اصلی: Pol I، Pol II و Pol III (در یوکاریوتها)
محصول: RNA تک رشتهای
دیانای پلیمراز چیست؟
آنزیمی که وظیفه تکثیر ژنوم سلول را بر عهده دارد تا وراثت ژنتیکی دقیق را در طول تقسیم تضمین کند.
انواع اصلی: Pol I، II، III، IV و V (در پروکاریوتها)
محصول: DNA دو رشتهای
جدول مقایسه
ویژگی
RNA پلیمراز
دیانای پلیمراز
فرآیند بیولوژیکی
رونویسی
تکثیر
الگوی مورد استفاده
DNA دو رشتهای
DNA تک رشتهای
پرایمر مورد نیاز
خیر
بله
توانایی ویرایش
حداقل/محدود
گسترده (اگزونوکلئاز ۳' تا ۵')
شکر موجود در محصول
ریبوز
دئوکسی ریبوز
فعالیت باز کردن پیچ
توانایی ذاتی شبه هلیکاز
به آنزیم هلیکاز جداگانه نیاز دارد
نرخ خطا
۱ در ۱۰۰۰۰ نوکلئوتید
۱ در ۱۰۰۰۰۰۰۰۰۰ نوکلئوتید
ساختار محصول نهایی
رشته پلی نوکلئوتیدی منفرد
مارپیچ دو رشتهای
مقایسه دقیق
الزامات آغازگر و پرایمر
تمایز اصلی در نحوه شروع سنتز این آنزیمها نهفته است. RNA پلیمراز میتواند پس از اتصال یک رشته جدید به یک توالی پروموتر، ایجاد آن را از ابتدا آغاز کند. برعکس، DNA پلیمراز قادر به شروع یک زنجیره نیست و برای افزودن اولین نوکلئوتید به یک پرایمر از پیش موجود با یک گروه 3'-OH آزاد نیاز دارد.
دقت و تصحیح
DNA پلیمراز یکپارچگی کل ژنوم را حفظ میکند و این امر مستلزم نرخ خطای فوقالعاده پایینی است که از طریق مکانیسمهای تصحیح داخلی حاصل میشود. RNA پلیمراز فاقد این فعالیت اگزونوکلئازی با دقت بالا است و در نتیجه نرخ جهش به طور قابل توجهی بالاتر است. با این حال، از آنجا که RNA گذرا است و ارثی نیست، این خطاها به طور کلی برای ارگانیسم کمتر مضر هستند.
توابع باز کردن سازه
در طول رونویسی، RNA پلیمراز به عنوان یک ماشین مستقل عمل میکند که میتواند مارپیچ دوگانه DNA را به تنهایی از هم جدا کند تا به الگو دسترسی پیدا کند. DNA پلیمراز بیشتر به مجموعهای از پروتئینها وابسته است، به طور خاص به آنزیم هلیکاز نیاز دارد تا پیوندهای هیدروژنی را بشکند و چنگال همانندسازی را در مقابل خود باز کند.
ویژگی سوبسترا
این آنزیمها در مورد واحدهای سازندهای که استفاده میکنند بسیار گزینشی عمل میکنند. RNA پلیمراز ریبونوکلئوتیدهایی را که حاوی قند ریبوز و باز اوراسیل هستند، در خود جای میدهد. DNA پلیمراز به طور خاص دئوکسی ریبونوکلئوتیدهایی را انتخاب میکند که به جای اوراسیل، دارای قند دئوکسی ریبوز و تیمین هستند.
مزایا و معایب
RNA پلیمراز
مزایا
+شروع مستقل
+رونویسی سریع
+باز شدن DNA ذاتی
+انواع مختلف RNA
مصرف شده
−نرخ خطای بالاتر
−فاقد تصحیح قوی است
−پایداری کمتر
−محصولات گذرا
دیانای پلیمراز
مزایا
+دقت فوقالعاده
+تصحیح قوی
+ذخیره سازی ژنتیکی دائمی
+فرآیندپذیری بالا
مصرف شده
−نیاز به پرایمر دارد
−نیاز به آنزیمهای کمکی
−شروع کندتر
−مسیرهای ترمیم پیچیده
تصورات نادرست رایج
افسانه
RNA پلیمراز و DNA پلیمراز با سرعت یکسانی کار میکنند.
واقعیت
در بیشتر موجودات زنده، DNA پلیمراز به طور قابل توجهی سریعتر است و در باکتریها تقریباً با سرعت ۱۰۰۰ نوکلئوتید در ثانیه حرکت میکند، در حالی که RNA پلیمراز به طور متوسط نزدیک به ۴۰ تا ۸۰ نوکلئوتید در ثانیه است. این تفاوت نشان دهنده مقیاس عظیم تکثیر کل ژنوم در مقابل رونویسی ژنهای خاص است.
افسانه
در تمام سلولها فقط یک نوع RNA پلیمراز وجود دارد.
واقعیت
در حالی که باکتریها معمولاً یک RNA پلیمراز چند زیر واحدی دارند، یوکاریوتها حداقل سه نوع متمایز از آن را دارند. هر RNA پلیمراز یوکاریوتی برای وظایف مختلفی مانند سنتز RNA ریبوزومی، RNA پیامرسان یا RNA ناقل تخصص یافته است.
افسانه
DNA پلیمراز فقط میتواند خطاها را در طول همانندسازی اصلاح کند.
واقعیت
پلیمرازهای DNA تخصصی مختلفی وجود دارند که صرفاً برای ترمیم آسیب در طول عمر سلول وجود دارند. این آنزیمها میتوانند شکافهای ناشی از نور UV یا قرار گرفتن در معرض مواد شیمیایی را پر کنند و مستقل از چرخه اصلی تکثیر عمل کنند.
افسانه
RNA پلیمراز RNA دو رشتهای تولید میکند.
واقعیت
RNA پلیمراز به طور خاص با خواندن تنها یکی از دو رشته الگوی DNA، یک مولکول تک رشتهای ایجاد میکند. در حالی که برخی از RNAها میتوانند روی خود تا شوند و ساختارهای دو رشتهای محلی تشکیل دهند، خروجی اصلی یک زنجیره پلینوکلئوتیدی واحد است.
سوالات متداول
آیا DNA پلیمراز میتواند بدون کمک، رشته جدیدی را شروع کند؟
خیر، DNA پلیمراز نمیتواند سنتز را به تنهایی آغاز کند زیرا برای اتصال نوکلئوتید ورودی به یک گروه 3'-OH از پیش موجود نیاز دارد. در طبیعت، آنزیمی به نام پریماز یک آغازگر RNA کوتاه ایجاد میکند که این نقطه شروع را فراهم میکند. پس از قرار گرفتن آغازگر، DNA پلیمراز میتواند شروع به گسترش زنجیره کند.
کدام آنزیم دقیقتر است و چرا؟
DNA پلیمراز بسیار دقیقتر است و میزان خطای آن تقریباً ۱۰۰۰۰۰ برابر کمتر از RNA پلیمراز است. این دقت بالا به دلیل فعالیت اگزونوکلئازی ۳' به ۵' آن است که به آن اجازه میدهد تا «backspace» کند و بازهای جفتشدهی نادرست را حذف کند. RNA پلیمراز فاقد این تصحیح دقیق است زیرا چند مولکول RNA معیوب کمتر از یک جهش دائمی در ژنوم فاجعهبار هستند.
آیا RNA پلیمراز برای باز کردن DNA به هلیکاز نیاز دارد؟
برخلاف DNA پلیمراز، RNA پلیمراز برای باز کردن مارپیچ DNA به آنزیم هلیکاز جداگانهای نیاز ندارد. این آنزیم دارای یک مکانیسم داخلی است که به آن اجازه میدهد الگوی DNA را هنگام حرکت در امتداد ژن باز کند. این امر چیزی را تشکیل میدهد که به عنوان حباب رونویسی شناخته میشود و همراه با آنزیم حرکت میکند.
اگر RNA پلیمراز اشتباه کند چه اتفاقی میافتد؟
اگر خطایی در طول رونویسی رخ دهد، منجر به یک مولکول RNA معیوب و احتمالاً یک پروتئین غیرفعال میشود. با این حال، از آنجا که یک ژن واحد بارها رونویسی میشود، سلول معمولاً نسخههای صحیح دیگری از پروتئین دارد. RNA معیوب در نهایت تجزیه میشود، بنابراین خطا به بخش دائمی کد ژنتیکی ارگانیسم تبدیل نمیشود.
چرا DNA پلیمراز از تیمین و RNA پلیمراز از اوراسیل استفاده میکند؟
استفاده از تیمین در DNA یک محافظ تکاملی در برابر جهش است. سیتوزین میتواند خود به خود به اوراسیل دآمینه شود؛ اگر DNA به طور طبیعی از اوراسیل استفاده میکرد، سلول نمیتوانست تشخیص دهد که آیا قرار بوده باز اوراسیل آنجا باشد یا سیتوزین آسیب دیده است. با استفاده از تیمین در DNA، سلول میتواند به راحتی هر اوراسیلی را که ظاهر میشود شناسایی و ترمیم کند و یکپارچگی ژنتیکی را حفظ کند.
سه نوع RNA پلیمراز یوکاریوتی را نام ببرید؟
یوکاریوتها از RNA پلیمراز I برای سنتز اکثر RNA ریبوزومی (rRNA)، RNA پلیمراز II برای RNA پیامرسان (mRNA) و برخی RNAهای کوچک، و RNA پلیمراز III برای RNA ناقل (tRNA) و سایر RNAهای ساختاری کوچک استفاده میکنند. هر آنزیم توالیهای پروموتر خاصی را تشخیص میدهد و برای عملکرد خود به فاکتورهای رونویسی متفاوتی نیاز دارد. این تخصص، تنظیم پیچیدهتر بیان ژن را امکانپذیر میسازد.
آیا RNA پلیمراز میتواند در هر دو جهت حرکت کند؟
خیر، هر دو RNA پلیمراز و DNA پلیمراز کاملاً یکطرفه هستند و رشتههای جدید را فقط در جهت 5' به 3' سنتز میکنند. این بدان معناست که آنها رشته الگو را در جهت 3' به 5' میخوانند. این محدودیت جهتدار به دلیل مکانیسم شیمیایی واکنش است که نیاز دارد گروه هیدروکسیل 3' زنجیره موجود به گروه فسفات نوکلئوتید ورودی حمله کند.
آیا DNA پلیمراز در رونویسی نقش دارد؟
خیر، DNA پلیمراز منحصراً در همانندسازی DNA و ترمیم DNA نقش دارد. در فرآیند رونویسی که حوزه RNA پلیمراز است، نقشی ندارد. این دو آنزیم از نظر ساختار و توانایی تشخیص سیگنالهای شروع مختلف روی مولکول DNA متفاوت هستند.
این آنزیمها از کجا میدانند که باید از کجا شروع کنند؟
RNA پلیمراز توالیهای DNA خاصی به نام پروموتر را شناسایی میکند که آغاز یک ژن را نشان میدهند. با این حال، DNA پلیمراز از مکانهای خاصی به نام «مبداهای همانندسازی» شروع میکند. در حالی که RNA پلیمراز با کمک فاکتورهای رونویسی نقطه شروع خود را پیدا میکند، DNA پلیمراز باید منتظر بماند تا پرایماز یک آغازگر را در چنگال همانندسازی قرار دهد.
کدام آنزیم در واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR) استفاده میشود؟
PCR از DNA پلیمراز، به ویژه یک نسخه مقاوم در برابر حرارت مانند Taq پلیمراز مشتق شده از باکتریهای گرمادوست، استفاده میکند. این امر به آنزیم اجازه میدهد تا در دماهای بالای مورد نیاز برای دناتوره کردن رشتههای DNA در طول فرآیند چرخه، زنده بماند. RNA پلیمراز در PCR استاندارد استفاده نمیشود، اگرچه در تکنیکهای دیگری مانند رونویسی آزمایشگاهی (in vitro transcription) استفاده میشود.
حکم
هنگام مطالعه بیان ژن و مسیرهای سنتز پروتئین، RNA پلیمراز را به عنوان محور اصلی انتخاب کنید. هنگام تجزیه و تحلیل مکانیسمهای تقسیم سلولی، وراثت و پایداری ژنتیکی درازمدت، DNA پلیمراز را انتخاب کنید.